Znanstvena sekcija brine se o unapređivanju i objedinjavanju znanstvenog rada u području matematike u Republici Hrvatskoj. U djelokrug njezina rada spada suradnja s drugim nacionalnim matematičkim udrugama, organiziranje znanstvenih kolokvija, organiziranje gostovanja inozemnih matematičara u Hrvatskoj, razmjena informacija o međunarodnim matematičkim konferencijama i sl.